发票能否作为付款凭证，要从是普通发票还是增值税发票、税务发票，交易额大小、交易习惯、是否即时结清等多方面考察。因为，在现实生活中，既有先开票，后付款的情况，也有先付款后开票的情况，还有一手开票，一手付钱的情况，不能死扣规定，一概而论。《发票管理办法》规定：“发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。”《发票管理办法实施细则》第三十三条规定：“填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票”。“发票的基本联次为三联，第一联为存根联，开票方留存备查；第二联为发票联，收执方作为付款或收款原始凭证；第三联为记帐联，开票方作为记帐原始凭证。”《增值税暂行条例》规定，“纳税人销售货物或者应税劳务，应当向购买方开具增值税专用发票，并在发票上分别注明销售额和销项税额。”《增值税专用发票使用规定》规定：“专用发票的基本联次统一规为四联，各联次必须按以下规定用途使用：第一联为存根联，由销货方留存备查；第二联为发票联，购货方作付款的记帐凭证；第三联为税款抵扣联，购货方作扣税凭证；第四联为记帐联，销货方作销售的记帐凭证。”
在实务中，购货人为了证明出售人交货后，购货人已支付货款给出售人的事实，往往将出售人开具给购货人的增值税专用发票作为证据证明其已经付款，尤其是在双方未订立书面合同或货物交接手续不完备的情形下，增值税专用发票有时甚至是购货人能提供的唯一证据，对其效力如何认定？1、购货人以收到对方的增值税专用发票时，已随即将现金给付完毕，认为属“票款两清”，但购货人仅有出售人开具的增值税专用发票，缺乏其他证据印证，而出售人对购货人已付货款并不认可时，该增值税专用发票属典型的单方证据，不足以证明已付款事实。2、购货人以出售人出具增值税专用发票为证据，而主张出售人收到了购货人的货款，其仅仅依据间接证据作为定案的依据，但只有间接证据尚不能形成完整的排他的证据链，故不足以据此认定出售人收到货款的事实，只能认为购货人的举证责任尚未完成。
增值税发票能否作为付款凭证。仅有增值税发票不能认定付款事实，因为在使用一般发票进行买卖交易的场合，一般发票的发票联是可以作为付款的凭证的。通常情况下是在付款后再开具发票，或是开具发票行为与付款行为同时进行，发票在此种情况下可以作为付款凭证，证明已付款的事实。但在使用增值税发票进行交易的场合，这种专用发票具有证明销售方已尽纳税义务和购买方进项税额的作用，同时又具有了确定最终应付价款准确数额的作用，提供增值税发票是出售人法定的合同附随义务，但并不能起到物权凭证的作用。购货人主张以增值税发票证明付款的事实，其仍需另外举证补强，以其他证据如进帐单、支票存根或现金支付的支付手续等付款凭证来作为已付款的依据。
